Single Nucleotide Polymorphisms

Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) sind genetische Varianten, bei denen sich an einer bestimmten Stelle in der DNA nur ein einziges Nukleotid unterscheidet.
Diese Unterschiede kommen bei mindestens einem Prozent der Menschen vor und tragen zur genetischen Vielfalt bei.

dbSNP-Datenbank

Eine Datenbank für solche SNPs ist die dbSNP-Datenbank, die vom National Center for Biotechnology Information (NCBI) gepflegt wird.
Die dbSNP startete als reine SNP-Datenbank; inzwischen enthält sie auch Mikro-Insertionen, Mikro-Deletionen, Mikrosatelliten und andere Sequenzvariationen.

Ein Beispieleintrag für ein SNP sieht so aus:

Organism:
Die Spezies, in der diese Variante vorkommt, ist der Mensch (Homo sapiens).

Position:
Die Veränderung liegt auf Chromosom 16 an der Position 89919377 (bezogen auf das Referenzgenom GRCh38.p14).

Alleles:
Hier findet ein Basenaustausch von Thymin (T) zu Cytosin (C) statt.

Variation Type:
Der Eintrag weist die Veränderung als „SNV“ (Single Nucleotide Variation) aus, also eine einzelne Basenveränderung.

Frequency:
Die Datenbanken (GnomAD_exome, ExAC, ALFA) zeigen eine sehr niedrige Häufigkeit der C-Variante, teilweise unter 0,00001 %.

Clinical Significance:
„Not Reported in ClinVar“ bedeutet, dass bislang keine klinische Relevanz in dieser Datenbank verzeichnet wurde.

Gene : Consequence:
Die Variante liegt im Gen MC1R und wird als „Missense-Variante“ eingestuft, bei der eine Aminosäure im Protein ausgetauscht werden kann. Darüber hinaus wird die benachbarte Region LOC124903759 als 500 Basen downstream gelegen aufgeführt.

Publications:
Bisher sind in dieser Datenbank keine wissenschaftlichen Publikationen („0 citations“) zu diesem speziellen Eintrag gelistet.

Genomic View:
Der Link „See rs on genome“ ermöglicht eine Ansicht der Position im Genom, um die Mutation in ihrem chromosomalen Kontext zu betrachten

Personalisierte Medizin

Individuelle Therapieansätze:
Bestimmte SNPs beeinflussen den Medikamentenstoffwechsel (Pharmakogenomik) und ermöglichen dadurch eine passgenaue Dosierung.
Dadurch lassen sich Nebenwirkungen minimieren und die Wirksamkeit steigern.

Präventive Maßnahmen:
Das Wissen um genetische Risiken kann zu gezielteren Vorsorgeuntersuchungen und angepassten Lebensstiländerungen führen.
So bleiben Erkrankungen häufig früher erkennbar und behandelbar.

Ausblick:
Mit sinkenden Sequenzierungskosten gewinnt die personalisierte Medizin an Bedeutung.